Secuenciación de amplicones por metodología Sanger


Secuenciación de amplicones por metodología Sanger usando un secuenciador ABI3500 (Life Technologies).

Producto de PCR purificado y primers específicos provistos por el usuario. Se entregan los archivos .ab1 correspondientes a la corrida de cada una de las muestras.


 

             
    
      
      

La purificación del producto de PCR, o clon de bacterias, no puede realizarse con protocolos antiguos que involucren el uso de PEG porque se tapan los capilares del secuenciador. Lo ideal es que la purificación sea con kits comercial.

    
             
    
      
      

Si fuese secuenciación directa de producto de PCR, el IMIPP no se hace responsable si hubiese lecturas de secuencias superpuestas.

    
             
    
      
      

La capacidad máxima del secuenciador es de ~700pb

    
             
    
      
      

Como ejemplo suponemos una situación común, que sería un producto de PCR entre 100 y 200 pb. Remitir 10 ul del ADN a secuenciar en concentración 20 ng/ul por cada reacción. Si se pretende secuenciar en sentido fwd y rev, entonces 20 ul con concentración 20 ng/ul.
Para otros casos guiarse por la tabla

    
             
    
      
      

Los primers para secuenciar serán remitidos en tubo separado y en concentración 5 uM. Calcular 5 ul de primer 5uM por cada reacción de secuenciación. Temperatura de melting entre 50°C – 58°C

    
             
    
      
      

Todos los tubos deben estar correctamente rotulados, con leyendas legibles y que se correspondan con lo que dice la planilla ya que ese es el nombre que tendrán las secuencias.

    
             
    
      
      

Enviar la planilla con todos los datos completos. Una vez enviada aguardar la confirmación del servicio

Descargar     
             
    
      
      

Coordinar vía mail previo envío de muestras

    
             
    
      
      

A fin de maximizar el rendimiento de los reactivos, la largada del secuenciador se realiza en conjunto con otros servicios de nuestra Institución 1 vez por semana.

 

    
             
    
      
      

Sólo se recibirán hasta 48 reacciones en múltiplos de 8.

    
             
    
      
      

Una vez entregado los resultados de la secuenciación, en caso de que haya un restante de material, el mismo será conservado durante 30 días quedando a disposición para su retiro. De lo contrario, concluido este plazo el material será descartado.

 

    

Contacto

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Gallo 1330 – Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutierrez Pabellón Q, Anatomía Patológica

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