En la investigación epidemiológica, la vigilancia laboratorial y en los ensayos sobre vacunas para HPV, se requiere identificar todos los genotipos virales presentes, aún en muy bajas copias, tanto en infecciones simples como múltiples; lo que requiere técnicas de muy alta sensibilidad y especificidad. Se realizó un estudio transversal descriptivo sobre 137 muestras de cuello uterino divididas en dos grupos según los resultados histológicos e inmunoquímicos: 1) ≤CIN1 (n=79), 2) CIN3+ (n=58).  Se amplificó un fragmento de la región L1 del HPV (200pb) luego se genotipificaron por secuenciación profunda (NGS) y se determinó la proporción relativa (%) de cada genotipo en cada una de las muestras que presento infecciones múltiples. Ademas se realizo un análisis comparado los resultados con los obtenidos previamente por PCR-Hibridación Reversa en Linea (PCR-RLB). En el grupo ≤CIN1 y CIN3+ se observó un 85% y un 41% de infecciones múltiples, respectivamente;  el HPV 16 fue el más prevalente en ambos grupos. En el grupo ≤CIN 1 se aprecia una amplia diversidad de genotipos de HPV, tanto de bajo (BR) como de alto riesgo (AR), en diferentes proporciones relativas en cada una de las muestras, sin una marcada preponderancia de ninguno de ellos; mientras que en el grupo CIN3+ se observa un fuerte descenso en la diversidad de genotipos con una notable mayoría de HPV-AR, especialmente VPH16. En el grupo ≤ CIN 1con infecciones múltiples, las proporciones relativas de los genotipos encontrados no muestran un marcado predominio de uno o algunos de ellos y en el grupo CIN3+ se observa una marcada superioridad en las proporciones relativas de VPH-AR. En ambos grupos el HPV 16 mostró la mayor proporción relativa, 17.6 y 62,5% respectivamente  La comparación entre ambos métodos mostró buena concordancia (k=0.70); sin embargo, NGS logró detectar mas resultados positivos de VPH  no detectados por PCR-RLB. Los resultados de NGS corroboraron la pérdida de diversidad de genotipos y la ganancia de dominancia de HPV-AR a medida que ≤CIN1 progresaba a CIN3+ detectando casi exclusivamente HPV-AR. El aumento de la proporción relativa de algunos de los HPV-AR en las infecciones múltiples y la caída de la diversidad genotípica podrían aplicarse al seguimiento de los pacientes como posible biomarcador de riesgo de progresión maligna.